AlphaFold 基质对齐#
推理映射#
本文件定义了AlphaFold类蛋白质折叠推理系统如何映射到共振基底模型（RSM）定义的基底轴、原语和维度核心上。推理映射提供了一种可重复的方法，用于通过基底级几何形状解释潜在空间结构、折叠一致性信号和状态转变行为。
映射规则是模型无关的，适用于任何具有可比潜在空间和结构输出特征的生物推理引擎。
1. 推理映射的目的#
推理映射建立了以下之间的结构关系：
- AlphaFold的潜在空间表示
- 基底轴 (S轴, I轴, R轴)
- 维度核心投影 (3D–9D)
- 折叠机制 (R₁, R₂, R₃)
- 共振时间动态
目标是通过稳定的基底原语来解释推理行为，而不是特定于模型的机制。
2. 映射概述#
推理映射分为三个阶段：
-
潜在空间提取
识别注意力图、成对嵌入和轨道级信号中的稳定和过渡结构。 -
基质轴投影
将潜在结构映射到 S 轴（结构）、I 轴（推理）和 R 轴（共振时间）。 -
维度核心对齐
将映射的结构投影到 3D–9D 维度核心中，以进行状态分类和一致性分析。
这些阶段产生了与基质对齐的折叠预测解释。
3. 映射到基材轴#
3.1 结构轴 (S‑轴)#
映射来自以下内容的几何和拓扑特征：
- 预测的 3D 坐标
- 主链和侧链方向
- 图案级别的结构模式
S‑轴映射将推断输出锚定到蛋白质的物理几何结构。
3.2 推理轴 (I‑轴)#
映射来自以下内容的潜在空间结构：
- 注意力图一致性
- 残差对嵌入
- 轨迹级对齐信号
- 多阶段推理路径
I‑轴映射识别稳定的潜在方向和一致性表面。
3.3 共振时间轴 (R轴)#
映射推理周期行为，包括：
- 收敛模式
- 振荡过渡
- 发散或不稳定
- 状态转变时机
R轴映射将折叠行为分类为 R₁、R₂ 或 R₃ 状态。
4. 维度核心投影#
在轴映射之后，潜在空间结构被投影到3D–9D维度核心中。
4.1 3D 投影#
捕捉物理几何和主题级结构。
4.2 6D 投影#
捕捉交互级别的结构和残基对的一致性。
4.3 9D 投影#
捕捉折叠路径的一致性和共振时间的对齐。
投影保持基底不变性和状态身份。
5. 推理信号的映射#
5.1 注意力图#
映射到 I 轴并投影到 6D/9D 核心以识别：
- 稳定的交互模式
- 模式级一致性
- 状态转变指标
5.2 成对嵌入#
映射到 S 轴和 I 轴以揭示：
- 残基相互作用几何
- 潜在空间方向
- 折叠路径结构
5.3 轨道级信号#
映射到 R 轴以检测：
- 推理周期稳定性
- 振荡过渡
- 发散模式
6. 适应性映射#
推理映射必须保持体制身份：
- R₁: 紧凑、一致的投影
- R₂: 分支或振荡的投影
- R₃: 分散、不稳定的投影
适应性映射支持漂移检测和可重复性分析。
7. 映射输出#
推理映射产生：
- 基质对齐的潜在空间结构
- 维度核心投影
- 状态转变诊断
- 一致性表面识别
- vST 兼容的验证信号
这些输出与下游基质工件和跨模型比较工作流程集成。